Die Naturlandschaft des Landkreis verfügt über

• 14 Naturschutzgebiete
• 6 Landschaftsschutzgebiete (ohne den Nationalpark Bayerischer Wald)
• über 60 Naturdenkmäler und
• weitgehend naturbelassene Fluss- und Bachläufe.

Stadt Freyung, Stadt Waldkirchen, Markt Röhrnbach, Gemeinden Grainet, Haidmühle, Hinterschmiding, Jandelsbrunn, Mauth, Neureichenau und Philippsreut 

Stadt Grafenau, Markt Perlesreut, Markt Schönberg, Gemeinden Eppenschlag, Fürsteneck, Hohenau, Innernzell, Neuschönau, Ringelai, Saldenburg, St. Oswald-Riedlhütte, Schöfweg, Spiegelau, Thurmansbang und Zenting