Die Naturlandschaft des Landkreis verfügt über

• 14 Naturschutzgebiete
• 6 Landschaftsschutzgebiete (ohne den Nationalpark Bayerischer Wald)
• über 60 Naturdenkmäler und
• weitgehend naturbelassene Fluss- und Bachläufe.

Stadt Freyung, Markt Röhrnbach, Markt Perlesreut, Gemeinden Fürsteneck, Grainet, Hohenau, Neuschönau, Ringelai

Stadt Waldkirchen, Gemeinden Haidmühle, Hinterschmiding, Jandelsbrunn, Mauth, Neureichenau, Philippsreut

Stadt Grafenau, Markt Schönberg, Gemeinden Eppenschlag, Innernzell, Saldenburg, St. Oswald-Riedlhütte, Schöfweg, Spiegelau, Thurmansbang, Zenting